A diferença entre NFe e NFCe, do ponto de vista da inutilização, ocorre apenas no modelo.
No Aics, para inutilizar uma faixa de numeração não utilizada em NFCes, basta acessar o Fiscal pela série configurada na NFCe (isso pode ser checado no local associado, cada local possui uma sequência de numeração).
Acesse menu Arquivos e siga o mesmo procedimento para a NFe. Nesse procedimento, será necessário atualizar o ServAICS. Se houver dúvidas, basta entrar em contato conosco, mas, basta atualizar os módulos informados e seguir os mesmos procedimentos.