Na entrada de NFs a partir do arquivo XML da NFe, os dados dos impostos relativos à substituição tributária não estavam sendo carregados. O usuário precisaria completá-los manualmente (ou poderiam estar automáticos em sua regra local).
Na versão mais recente do AICS o valor do IVA e base estão sendo carregados, além da alíquota local. Se houver regra para esses valores, nada deve ter mudado. Se esses dados forem digitados, isso não será mais necessário com esse novo recurso.